Auf Grund der Besorgnis erregenden Bestandes- und Ertragssituation der Bodensee-Seeforelle etablierte die IBKF im Jahr 1979 die ?Arbeitsgruppe Seeforelle" mit dem Auftrag,  sich um den Fortbestand dieser gefährdeten Art zu kümmern. Die erste Analyse der Arbeitsgruppe war ernüchternd: In ihrem Bericht benannte sie 1984 als Gründe für den Rückgang vor allem die ungenügenden Schonbestimmungen in der Fischerei im Obersee sowie die Fortpflanzungshindernisse in den Zuflüssen. Die Arbeitsgruppe machte deutlich klar, dass die Seeforelle in absehbarer Zeit aus dem Bodensee und ihren Zuflüssen verschwinden würde, sollten sich ihre Lebensbedingungen nicht grundlegend ändern.

Die Vorschläge der Arbeitsgruppe zur Rettung der Bodensee-Seeforelle wurden im Laufe der Jahre umgesetzt. Das Schonmaß wurde von 35 auf 50 Zentimeter erhöht. Ferner stoppten die IBKF-Mitgliedsländer und Kantone in den 1990er Jahren in den Zuflüssen den Besatz mit konkurrierenden Regenbogenforellen. Vor allem aber machte man sich daran, die Hindernisse in den Zuflüssen so zu verändern und umzugestalten, dass sie für die Seeforellen passierbar wurden: Der Bau funktionstüchtiger Fischpässe, der Einbau rauer Rampen, die Sanierung von Wehren und von Mündungen der Seitenflüsse in den Rhein trug dazu bei, dass die Tiere wieder über größere Fließstrecken wandern und so ihre Laichplätze erreichen konnten. Der Erfolg: der Ertrag im Bodensee und die Zahl der Laichtiere in den Zuflüssen stiegen wieder kräftig an. Gleichwohl hat die IBKF der ?Arbeitsgruppe Seeforelle" ein erweitertes Mandat erteilt: Sie soll als ?Arbeitsgruppe Wanderfische" auch anderen Wanderfischarten die Zukunft im Bodenseeraum sichern.